Les Tortues Ninja 3 est le dernier film de la trilogie, il est sorti en 1993.
Un jour April O'neil trouve un mystérieux objet qui sert à voyager dans le temps. C'est alors qu'April, devant les quatre tortues, disparait et se retrouve au Japon en 1603. Les tortues vont essayer elles aussi de voyager dans le temps, mais elles perdent l'objet pour les faire revenir chez elles dans les bois. C'est un petit garçon qui va le retrouver et le rendre bien plus tard à Raphael. Celui-ci va le montrer à ses frères. Le jour de leur départ, Michelangelo va refuser de partir, mais il revint quand même chez lui, dans les égouts de New-York.