Une muqueuse est une membrane qui tapisse les zones du corps qui ne sont pas habituellement en contact avec le milieu extérieur, comme l'est la peau.
Par exemple, l'intérieur de la bouche est tapissé de muqueuse, le dessous des paupières, la partie du prépuce en contact avec le gland du pénis et le gland lui-même, de même que la vessie, l'utérus, les fosses nasales, les poumons, l'intestin ... Une muqueuse ressemble à de la peau, mais est plus fine, plus fragile, et toujours humide, car elle secrète un mucus.