Classification phylogénétique

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La classification phylogénétique des êtres vivants est une nouvelle méthode de classement scientifique des espèces. Elle tend peu à peu à remplacer la classification classique.

Note : pour simplifier, on utilise, dans cet article, des exemples tirés principalement de la classification des animaux, mais ce qui est dit ici reste vrai pour les végétaux, les champignons, et les autres groupes.

Les principes de la classification phylogénétique[modifier]

La classification phylogénétique n'a pas les mêmes buts, ni les mêmes fonctions que la classification classique :

  • La classification classique sert à organiser les êtres vivants pour pouvoir les trier, et mieux s'y retrouver, donc mieux les comprendre.
  • La classification phylogénétique sert à visualiser l'évolution des êtres vivants : elle regroupe ensemble les êtres vivants, non pas forcément qui se ressemblent, mais qui ont le même ancêtre commun.

Les deux classifications ont leur intérêt, et on continue à les utiliser toutes les deux, selon ce que l'on veut en faire. Cependant, de plus en plus fréquemment, on modifie un peu les groupes de la classification classique, quand la classification phylogénétique nous apprend qu'ils ne sont pas tels que nous le croyions.

Exemple : Les Artiodactyles sont les Mammifères ayant un sabot composé d'un nombre pair de doigts, par exemple, les Hippopotames. Mais qui aurait pensé que les Cétacés (c'est-à-dire les Baleines et les Dauphins) étaient en fait de proches parents des hippopotames ? Récemment, on a découvert que les ancêtres des Cétacés avaient également un sabot composé d'un nombre pair de doigts, mais, bien sûr, ils n'en ont plus, puisque leurs pattes sont devenues des nageoires, pour vivre dans l'eau. On a donc placé les Cétacés dans le même groupe que les Artiodactyles. Cependant, le nom d'« Artiodactyle » n'était donc plus bon, puisqu'il veut dire « ayant un nombre pair de doigts ». On l'a donc remplacé par « Cétartiodactyles ».

Les différences de méthode avec la classification classique[modifier]

  • Tous les êtres vivants d'un même groupe ne se ressemblent pas forcément, et des êtres vivants qui se ressemblent ne font pas forcément partie du même groupe. Dans la nature, les êtres vivants doivent s'adapter à leur environnement pour survivre. Il est donc normal que des êtres vivants qui vivent de la même façon, dans des endroits similaires, finissent par se ressembler, même s'ils ne sont pas forcément de proches parents.
Exemple : la Taupe européenne en Europe, et la Taupe dorée en Afrique, sont deux animaux qui se sont adaptés à une vie souterraine, et se ressemblent beaucoup. Elles sont presque aveugles, ont de grosses pattes griffues en forme de pelles, qui leur servent à creuser des galeries, et se nourrissent principalement de vers. Dans la classification classique, en raison de toutes ses ressemblances, elles sont placées dans le même groupe (l'ordre des Insectivores). Mais on s'est aperçu que ces deux animaux avaient évolué à partir d'ancêtres très différents. Si elles ont fini par se ressembler, c'est parce qu'elles vivent de la même façon. Par conséquent, en classification phylogénétique, on les place dans deux groupes différents.
Une Taupe (Talpa europea) : la taupe a de grosses pattes qui lui servent à creuser des galeries. Ses yeux ne lui servent presque à rien dans le noir, sa fourrure très douce lui sert à se glisser dans les trous. Elle se nourrit de vers de terre, et d'insectes, et ses dents sont adaptées à cette nourriture.
Une Taupe dorée (Chrysochloris sp) : Elle ressemble beaucoup à la Taupe, car elle vit de la même façon. Mais, originaire d'Afrique, elle n'a pas du tout les mêmes ancêtres : elle est en fait beaucoup plus proche, par exemple, des Éléphants que des Taupes...

Exemple 2 : Les Éléphants sont des animaux terrestres, à quatre pattes, munis de défenses, tandis que les Lamantins, eux, sont des animaux aquatiques, dotés de ce qui ressemble à des nageoires. En classification classique, on les place dans deux ordres différents : les Proboscidiens (éléphants), et les Siréniens (lamantins). Pourtant, ils ont un même ancêtre commun : les descendants de cet animal préhistorique se sont, ou bien adaptés à la vie dans la savane, et sont devenus des éléphants, ou bien adaptés à la vie aquatique, et sont devenus des lamantins. En classification phylogénétique, on les regroupe donc dans le même groupe : celui des Téthythériens.
Les Éléphants sont des animaux vraiment très caractéristiques : il n'existe aucun autre animal qui leur ressemble
Les Lamantins, (et les Dugongs, qui sont de la même famille), sont de proches parents des Éléphants. Pourtant, ils ne leurs ressemblent pas tellement : c'est parce qu'ils se sont adaptés à une vie aquatique.
  • En classification phylogénétique, il y a généralement beaucoup plus que sept niveaux de classification : puisqu'on cherche les liens de parentés dans un groupe, on ne se contente pas d'avoir, disons, d'avoir six ou sept classes différentes réunies dans un même embranchement : on cherche à savoir quelle classe est la plus proche de l'autre.
  • Du coup, en classification phylogénétique, on ne parle plus vraiment d'ordre, de classe ou d'embranchement, car autrement, il faudrait trouver un nom pour chacun des très nombreux niveaux de cette classification. Les noms des principaux taxons de la classification classique sont toutefois conservés, quand ils restent valables en classification phylogénétique, mais ne sont plus considérés comme des ordres, ou des classes. On parle simplement de « groupe », ou de « taxon ».


exemple : l'embranchement des Mollusques contient, en classification classique, sept classes :
et quatre autres classes moins connues :
  • les Scaphopodes, comme le Dentale, dont la coquille ressemble à une dent d'éléphant
  • les Polyplacophores, comme le Chiton, dont la coquille est formée de plusieurs plaques articulées
  • les Monoplacophores, dont la coquille n'est formée que d'une seule plaque
  • les Aplacophores, qui n'ont pas de coquille, et ressemblent un peu à des vers
en classification phylogénétique, on va rajouter plusieurs intermédiaires entre l'embranchement et la classe, pour mieux trier ces différents groupes, en fonction de leur niveau de parenté :
Mollusques
  • Aplacophores
  • Eumollusques, qui contiennent :
    • Polyplacophores
    • Conchifères, qui contiennent :
      • Monoplacophores
      • Ganglioneures, qui contiennent :
        • Viscéroconques, qui contiennent :
          • Gastéropodes
          • Céphalopodes
        • Diasomes, qui contiennent :
          • Bivalves
          • Scaphopodes
On a donc dû rajouter cinq nouveaux groupes, et quatre niveaux de classification, à partir de la classification classique pour arriver à la classification phylogénétique


Les techniques de la classification phylogénétique[modifier]

Si, dans une classification phylogénétique, on ne rassemble pas des êtres vivants simplement parce qu'ils se ressemblent, il a bien fallu trouver d'autres méthodes pour les classer ; pour cela, on utilise :

  • L'Anatomie comparée : cette méthode a été inventée par un naturaliste français, Georges Cuvier : elle consiste à comparer, non pas ce qui est visible, chez deux être vivants, mais ce qui est homologue, c'est-à-dire, constitué de la même façon. Ainsi, si on regarde les « nageoires » des Cétacés ou des Siréniens, non pas par leur forme (qui est adaptée à son rôle, c'est-à-dire à la natation), mais par leur squelette, on s'aperçoit que ces « nageoires » n'en sont pas : ce sont des pattes avant, semblables à celles de tous les autres mammifères, et qui se sont un peu modifiées, pour permettre de nager.
Grâce à l'anatomie comparée, on peut trouver de nombreux points communs entre les Éléphants et les Lamantins, comme par exemple, le fait qu'ils aient les mamelles placées sous les pattes avant.
  • Les fossiles : quand on peut, on regarde comment est constitué l'ancêtre de l'être vivant que l'on veut classer, pour voir à qui il ressemble. C'est ainsi, par exemple, que l'on a découvert que les ancêtres des baleines avaient des pattes avec des sabots, et que l'on a pu les placer parmi les Cétartiodactyles.
  • L'information génétique : Chaque être vivant contient dans chacune de ses cellules toute l'histoire de son évolution, sous forme d'ADN. Plus l'ADN de 2 êtres vivants sera proche, plus leur histoire évolutive sera commune, et donc plus ils partageront d'ancêtres communs1, même s'ils ne se ressemblent pas forcément. C'est ce qui a permis, par exemple, de découvrir que la Taupe et la Taupe dorée n'étaient finalement pas très proches...

La classification phylogénétique actuelle[modifier]

La classification phylogénétique est souvent perfectionnée, et améliorée. Elle n'est pas encore définitive, car de nouvelles découvertes peuvent nous en apprendre davantage.

Principales différences de classification avec la classification classique[modifier]

Reptiles et Oiseaux[modifier]

Le mot « Reptile » ne veut rien dire en classification phylogénétique : en effet, les Crocodiles sont beaucoup plus proches des Oiseaux que des Lézards ou des Serpents.

Bien qu'ils ne se ressemblent pas à première vue, Crocodiles et Oiseaux ont en effet beaucoup de points communs : par exemple, leur cœur possède, comme le nôtre, une cloison qui empêche le mélange du sang riche en dioxygène, provenant des poumons, et du sang riche en dioxyde de carbone, provenant des organes, ce qui n'est pas le cas des Lézards ou des Serpents. L'estomac des Oiseaux et celui des Crocodiles est également doté d'une poche appelée gésier, et qui sert à broyer la nourriture (ni les Oiseaux, ni les Crocodiles ne sont capables de mâcher : leur mâchoire ne leur sert qu'à attraper leur nourriture. Le gésier permet donc de remplacer la mastication de la nourriture, avant qu'elle n'arrive à l'estomac).

En classification phylogénétique, il faut donc placer les Oiseaux dans le groupe des Reptiles, qui, du coup, ne s'appelle plus Reptile, mais Sauropsides :

On comprend mieux ce qui rapproche les Crocodiles des Oiseaux, quand on regarde les fossiles : on a découvert récemment que les Oiseaux sont en fait les derniers survivants d'un groupe qu'on croyait disparu depuis des millions d'années : les Dinosaures. Il a existé toutes sortes de Dinosaures très différents, et les Oiseaux n'étaient qu'un petit groupe d'entre eux. Mais tous les autres ont disparus, et les Oiseaux sont les seuls à avoir survécu. Les Crocodiles n'étaient pas des Dinosaures, mais ils étaient proches parents. Plus proches, en tous cas, que les Lézards et les Serpents.

Quand on replace les fossiles dans cette classification phylogénétique, cela donne donc :

  • Sauropsides
    • Chéloniens
    • Diapsides
      • Archosaures
        • Crocodiliens
        • Dinosaures (dont les Oiseaux)
      • Lépidosaures
        • Sphénodontiens
        • Squamates
Galerie de Sauropsides[modifier]

Quelques Sauropsides actuels :

Galerie de Dinosaures[modifier]

Quelques représentations de Dinosaures, actuels et fossiles, pour bien comprendre les points communs entre les Oiseaux et les autres Sauropsides :

Poissons[modifier]

Dans le langage courant, le mot « poisson » désigne un animal aquatique : il a des branchies, pour respirer sous l'eau, ses membres sont des nageoires, et surtout, il possède des membres impairs2 : la nageoire caudale, la nageoire dorsale...

Seulement, plusieurs animaux de groupes différents se sont adaptés à la vie aquatique, et ont développé des branchies, et des nageoires paires et impaires.

Pire : nos ancêtres aussi étaient aquatiques, et ils avaient des branchies, et des nageoires, qu'ils ont perdu, quand ils ont conquis la terre ferme. Rassembler tous les animaux ainsi constitués, sous le nom de « poissons », est donc bien pratique, parce que ces animaux se ressemblent bien, mais pas du tout scientifique, car tous ces animaux ne sont pas les descendants d'ancêtres communs.

En classification classique, les Poissons forment une classe, généralement divisée en poissons osseux (ceux qui ont un squelette formé d'os), et en poissons cartilagineux (ceux qui ont un squelette formé de cartilages). Comme on sait maintenant qu'ils n'ont rien en commun, on les répartit souvent en deux classes, celles des Poissons cartilagineux, ou Chondrichtyens, et celle des Poissons osseux, ou Ostéichtyens

En classification phylogénétique, les Vertébrés sont classés de la façon suivante :

  • Chordés
    • Crâniates (animaux pourvus d'un crâne)
      • Myxinoïdes : les Myxines
      • Vertébrés (animaux pourvus de vertèbres
        • Pétromyzontides : les Lamproies
        • Gnathostomes (animaux pourvus de mâchoires)
          • Chondrichtyens ("poissons » à squelette cartilagineux) : les Raies, les Requins ou les Chimères, par exemple.
          • Ostéichtyens (tous les animaux qui ont un squelette fait d'os)
            • Actinoptérygiens ("poissons" sont les nageoires sont formées de rayons)
              • Polyptères, ou « Poissons-roseaux » : des animaux qui vivent dans les mares, dans les pays tropicaux.
              • Actinoptères
            • Sarcoptérygiens (animaux qui ont des membres formés d'un bras (ou d'une jambe) et d'une main (ou d'un pied))
              • Actinistiens : le groupe du Coelacanthe
              • Rhipidistiens (animaux ayant des poumons)
                • Dipneustes : des sortes de « poissons » munis de poumons, pouvant sortir de l'eau, en cas de besoin.
                • Tétrapodes : les animaux à quatre membres, c'est-à-dire tous les vertébrés terrestres, dont nous faisons partie.


Sur cette classification, on a fait apparaître en bleu tous les animaux qui répondent à la définition de « poisson » : on voit bien que le groupe des « Poissons » serait constitué par des animaux finalement très différents, et n'ayant aucun lien de parenté entre eux. Le mot « Poisson » n'a donc aucun sens en classification phylogénétique (même s'il est toujours utilisé, car très pratique, en classification classique)

Galerie de « poissons »[modifier]

Tous ces animaux sont classés, en classification classique, dans la classe des Poissons. Pourtant, ils ne sont pas apparentés entre eux :

L'Homme[modifier]

La place de l'Homme dans la classification a toujours fait débat, car, bien souvent, on se sent supérieur aux autres animaux, et on n'a pas envie d'être comparé à eux... Et surtout pas aux singes !

Les Primates sont un groupe qui est caractérisé par la présence de main, formée de cinq doigts, dont un, le pouce, est opposable aux autres, ce qui permet d'attraper des choses, de grimper aux arbres, ou d'utiliser des outils...

La classification phylogénétique (simplifiée) du groupe des Primates, dont nous faisons partie, a permis de se rendre compte du degré de parenté de l'Homme avec les autres espèces couramment désignée sous le nom de « singes » :


Galerie de Primates[modifier]

Les plus proches parents actuels de l'Homme sont donc le Chimpanzé et le Bonobo. Le plus proche parent du groupe formé par l'Homme, le Chimpanzé, et le Bonobo est le Gorille, et les plus proches parents du groupe formé par l'Homme, le Chimpanzé, le Bonobo et le gorille est l'Orang outan, etc.

Classification phylogénétique simplifiée du vivant[modifier]

Les Eucaryotes, c'est-à-dire tous les êtres vivants dont les cellules contiennent un noyau (donc, en fait, tous les êtres vivants à l'exception des bactéries) peuvent être classés ainsi (il s'agit d'une classification simplifiée, pour comprendre quels sont les grands groupes d'êtres vivants dans la classification phylogénétique : de nombreux groupes ne sont pas présentés)


Les principales différences avec la classification classique consistent en ce que :

  • le « règne » des Protistes est complètement éclaté (il existe des Animaux unicellulaires, des Végétaux unicellulaires, des Champignons unicellulaires, mais aussi des groupes encore très différents, comme les Ciliés, les Amibes, les Flagellés et les Foraminifères, qui étaient rangés parmi les protistes, et ne sont ni des Animaux, ni des Champignons, ni des Végétaux, mais des groupes différents, et sans liens de parentés entre eux).
  • les « algues » ont été réparties dans trois groupes : les Algues vertes (qui sont des Végétaux), les Algues rouges (qui ne sont pas des Végétaux, mais qui en sont très proches), et les Algues brunes (qui constituent un groupe totalement à part).

Voir aussi[modifier]

Lien externe[modifier]

Références[modifier]

  • G. Lecointre et H. Le Guyader, Classification phylogénétique du vivant, 3e édition (Belin) (ISBN 2-7011-4273-3)
  • L. de Bonis, La Famille de l'Homme, des Lémuriens à Homo sapiens (Belin) (ISBN 978-2842450076 et ISBN 2842450078)
  • Muséum d'histoire naturelle de Toulon

Notes[modifier]

  1. Plus leur ancêtre commun sera proche dans le passé en termes de génération.
  2. Chez les animaux terrestres, comme nous, les membres vont toujours par deux : deux bras, deux jambes, quatre pattes, six pattes, deux ailes... Chez les animaux aquatiques, il existe des nageoires qui vont par deux : ce sont les nageoires paires, comme les nageoires ventrales, ou pectorales. Mais il existe aussi, en plus, des nageoires qui sont seules : ce sont les nageoires impaires, comme la nageoire caudale (sur la queue), la nageoire dorsale (sur le dos), etc.
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